คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี แบ่งส่วนราชการระดับกองเป็น 1 ส่วน ได้แก่ สำนักงานคณบดี ซึ่งแยกส่วนราชการระดับงานเป็น 12 หน่วยงาน ประกอบด้วย หน่วยงานด้านวิชาการ 7 หน่วยงาน ได้แก่ สาขาวิชาคณิตศาสตร์และสถิติ สาขาวิชาคอมพิวเตอร์ สาขาวิชาเคมี สาขาวิชาชีววิทยา สาขาวิชาฟิสิกส์ สาขาวิชาวิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม และสาขาวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ และหน่วยงานสนับสนุนวิชาการ 5 หน่วยงาน ได้แก่ งานบริหารงานทั่วไป งานบริการการศึกษา งานกิจการนักศึกษา งานศูนย์เทคโนโลยีที่เหมาะสม และงานศูนย์วิทยาศาสตร์ ทุกหน่วยงานขึ้นตรงต่อคณบดี ซึ่งเป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุด และรับผิดชอบงาน ดังภาพที่ 1 คณบดีแต่งตั้งโดยสภามหาวิทยาลัยราชภัฏสกลนคร และมีวาระการดำรงตำแหน่ง 4 ปี คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี บริหารงานโดยคณะกรรมการบริหารคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ประกอบด้วย คณบดี รองคณบดีทุกสายงาน หัวหน้าสำนักงานคณบดี ประธานสาขาวิชาทุกสาขา และหัวหน้าทุกงาน โดยมีคณะกรรมการประจำคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ประกอบด้วย คณบดี ผู้แทนรองคณบดี 1 คน ผู้แทนประธานสาขาวิชา 2 คน ผู้แทนคณาจารย์ 2 คน ผู้ทรงคุณวุฒิภายนอก 3 คน และหัวหน้าสำนักงานคณบดี ทำหน้าที่วางนโยบาย และกำหนดแนวทางการดำเนินงานของคณะ ให้สอดคล้องกับนโยบายของมหาวิทยาลัย ซึ่งมีสภามหาวิทยาลัยราชภัฏสกลนครเป็นผู้กำกับ ติดตามการดำเนินงานของคณะประจำทุกปี นอกจากนี้ คณบดีอาจแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานตามพันธกิจ ซึ่งประกอบด้วย คณบดี รองคณบดี ผู้แทนจากสาขาวิชา และผู้แทนจากหน่วยงานเกี่ยวข้อง เพื่อดำเนินงานตามพันธกิจที่ได้รับมอบหมาย